Sarayönü İlçesinin tarihi Tarihöncesi dönemlere kadar inmektedir. İlçede Pazar Höyük, Başhöyük, S. Karatepe, İrmelik Höyük, Ertuğrul Höyük, Akdoğan Höyük, Konar Höyük, Çesmelisebil Höyük, Gamel Höyük, Kuyulusebil Höyük, Kurşunlu Kale Höyük, İbrahim Dede Höyük, Ladik Höyük, Zengi Höyük gibi yerleşmeler, Kalkolitik çağdan Demir çağına kadar uzanan kültürleri temsil etmektedirler.

Hitit, Frig, Roma ve Bizans gibi uygarlıklar ise bölgenin siyasi ve idari tarihinde büyük bir rol oynamışlardır.

Laodicea (Combusta) olarak bilinen Ladik, Roma döneminde önemli bir idari merkez olmakla birlikte, Romanın Efes’ten başlayarak Melitea’ya (Malatya) uzanan doğu askeri yolunun bağlantısını oluşturmaktaydı.

Bölge, Türkiye Selçukluları döneminde Türklerin eline geçmiştir. Sarayönü bulunduğu coğrafi yapı itibarıyla batıdan Konya’ya geçişin son durak yeri olduğu için, Selçuklular döneminde Haçlıların yağma ve talanına uğramıştır.

Sarayönü Selçukluların son döneminde, güney doğusunda Saidili ile, güneyinde Ladik dağları eteğinde Bozok ili (Öziçi) adı ile bilinen iki kasaba halkından oluşmuştur. Bu kasabalardan göç edenler Sarayönü'nün kuruluşunda öncü olmuşlardır. Sarayönü’nü Osmanlılar almadan önce, Karamanoğulları ve Turgutoğulları hakim olmuştur. İlçe önceleri Sarayönü Turgut Bey oğlu Pir Hüseyin Bey Camii çevresinde gelişmiştir.

Bugünkü şehir merkezine kayması ise II. Abdülhamit zamanında Anadolu-Bağdat- Bağdat-Hicaz Demiryolları yapımı projesi çerçevesinde demiryolunun geçmesi ile sağlanmıştır (1896).

İlçeden geçen demiryolu ve binası bir Alman firmasına yaptırılmıştır. Demiryolunun geçmesi ile ilçeye hareketlilik gelmiş bu durum milli mücadele yıllarında kendini göstermiştir. Halk da yeni yerleşim yerine “İskele” demeye başlamıştır.

Sarayönü’nün coğrafi yapısı nedeniyle, ilk ahalisi kervancılık yapmak suretiyle geçimlerini temin ediyorlardı. Cihanbeyli yaylası üzerinden geçirilerek Tuz Gölü havzasından alınan tuz, kira ile İzmir’ e uzanan yol boyunca taşınırdı. İlçede halk geçimini bugün tarım ve hayvancılıktan sağlamaktadır.

Son yıllarda modern büyükbaş hayvancılığın yapıldığı bölgelerden biri haline gelmiştir. Ayrıca modern tarım araçları ile buğday, arpa, çavdar ve yulafın yanında özellikle devlet teşvikleri ile yem bitkisi olan fiğ ekimi yapılmaktadır.